L’Istituto Leone XIII è una delle scuole della Compagnia di Gesù, che fu fondata nel 1540 da S. Ignazio di Loyola, un nobile militare basco, nato a Loyola nel 1491.
Nel 1564 S. Carlo Borromeo otteneva che un gruppo di Padri della Compagnia di Gesù (Gesuiti) si dedicasse all’educazione dei giovani e assegnò loro, a tal fine, tre piccole case vicino alla Chiesa di San Vito al Carrobbio (quartiere di Porta Ticinese); successivamente, una sede accanto alla Chiesa di San Fedele e circa dieci anni dopo la sede di Brera che divenne un’importante scuola di matematica, astronomia, scienze, letteratura latina e greca, storia, ebraico. Qui rimasero fino al 1773 quando la Compagnia di Gesù fu soppressa.
Nel 1893, tra le iniziative della Diocesi milanese per la celebrazione del giubileo del Papa Leone XIII, si colloca il ritorno dei Gesuiti a Milano con la fondazione del “Collegio San Luigi e Convitto Leone XIII” in corso di Porta Nuova.
Essa venne resa possibile dall’impegno anche economico di laici insigni, quali il duca Tommaso Gallarati Scotti, ma anche dalla raccolta di fondi per la realizzazione dell’omaggio al Papa, svoltasi nella Diocesi, tra la gente semplice. La collaborazione e il coinvolgimento diretto dei laici nell’opera educativa, a fianco dei Gesuiti, e il profondo inserimento socio-culturale nel territorio milanese rimarranno così elementi caratterizzanti del nostro Istituto a partire dalla sua fondazione.
Quando scoppiò la prima guerra mondiale, il collegio fu requisito dai militari e la scuola si trasferì in corso Venezia, dove rimase fino alla fine della guerra.
Durante la seconda guerra mondiale, il 10 settembre 1944, tre bombe colpirono l’Istituto che andò distrutto. Per cinque anni i Padri furono ospitati in via Parini dalle suore Orsoline.
Nel 1950 venne costruito il corpo della sede attuale che dà su via Leone XIII, con l’annessa chiesa; nel 1967 iniziarono i lavori per la costruzione della piscina e nel 1977 quelli del corpo centrale affacciato su via Vincenzo Monti.